До 2005го року в околицях містечка Херсоніссос, що в 20-ти кілометрах від столиці Криту, була військово-повітряна база НАТО. З кінця 2005-го року база була ліквідована, і постало питання про забудову досить великій території острова.
біологічний Інститут Криту відразу ж виступив з пропозицією створити на острові публічний акваріум, але цей акваріум повинен був відразу ж стати найбільшим в країні. Будівництво тривало недовго, і в цьому ж році акваріум відкрив двері для перших відвідувачів.
Спочатку керівництвом були задіяні далеко не всі приміщення і території колишньої військової бази, частина з них була залишена в якості резерву. Резервом скористалися в 2009-му році, коли закінчилося глобальне розширення території акваріума. Початкові 25 резервуарів з мешканцями морських глибин розширилися до 60-ти.
В цілому в експозиційних галереях акваріума представлено близько двох з половиною тисяч особин декількох сотень видів. Ареал проживання мешканців акваріуму обмежений - це Середземне море і води, які омивають Балканський півострів. Проте, ця обмеженість дозволяє найбільш широко представити різноманітність підводної фауни і флори.
Керівництво акваріума подбало і про самих маленьких своїх відвідувачів. Діти перед початком екскурсії або по її завершенню можуть пройти в спеціально відведену зону, де в досить великому басейні плавають радіокеровані моделі катерів.